有一天，三门市内出现了「门」，无数来自异次元的侵略者「近界民」，穿过这些门，袭击这个城市的人们。此时，一群自称「BORDER」的人们出现，击退近界民，并在这裡建立了基地守护和平。４年过去了，不起眼的中...

有一天，三门市内出现了「门」，无数来自异次元的侵略者「近界民」，穿过这些门，袭击这个城市的人们。此时，一群自称「BORDER」的人们出现，击退近界民，并在这裡建立了基地守护和平。４年过去了，不起眼的中学生‧三云修，阻止不良少年欺负转学生游真，却因此被捲入了近界民的袭击当中。千钧一髮之际，游真却展现了惊人的实力。究竟游真的真实身分是什么……？近界民突然出现在警戒区域外。Ａ级队员木虎上前应战，却因為头一次碰到这种敌人，陷入苦战。游真答应修的请求去帮她，想不到……？而被召唤到BORDER总部的修，又将认识一位「Ｓ级」BORDER队员──？BORDER组织的最高司令官‧城户这次下达的，竟是捕获游真的命令！接获命令的迅找上游真，结果将会如何？游真来到人介的真正目的，以及他不為人所知的过去也即将揭晓──！在修与游真进行特训中，总部的最精锐部队奉命夺取黑触发，因此来到玉狛分部。迅与岚山队挺身而出，准备阻止他们！Ａ级队员即将爆发超水准的战斗，究竟胜负将会如何……？Ａ级排名第３部队的队长‧风间找上修挑战。在模拟战中，对手展现出压倒性的实力差距，修能否还以颜色!?另一方面，游真与千佳也分别都在新进队员中展